Dokter dan ahli gizi masyarakat dr. Tan Shot Yen mempertanyakan adanya pemberian susu dalam Program Makan Bergizi Gratis. "Kenapa harus ada susunya?" kata Tan Shot Yen dalam media talk di Jakarta. Pasalnya pemberian susu sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Kesehatan (Permenkes) Nomor 41 Tahun 2014 dianggap sudah tidak relevan dengan perkembangan zaman. "Kita sudah keluar dari empat sehat lima sempurna, karena itu sudah lawas banget," kata Tan.

Selain itu, adanya kondisi mayoritas masyarakat Asia Tenggara yang intoleran terhadap laktosa. "Bahwa 80 persen lebih orang Asia Tenggara intoleran dengan laktosa. Siapa di sini yang minum sesuatu berbahan susu, kemudian mengalami mencret, diare, kembung, mual? Bisa bayangkan apakah kondisi masyarakat yang secara etik genetik kita seperti itu, malah diberi makanan berbahan susu," katanya.

Selain itu, pemberian susu, terlebih susu yang memiliki rasa rawan untuk menyabotase pemenuhan gizi anak. "Jadi rentan banget dengan yang disebut dengan manipulasi rasa, manipulasi kandungan gizi. Akhirnya ini merupakan sabotase yang kita sebenarnya ingin anak menjadi lebih baik tapi nanti yang dipilih cuma susunya doang. Nanti makanan yang tidak habis dibawa pulang untuk dibagikan ke bapak ibunya," kata dr Tan.

Dalam Buku II Nota Keuangan Tahun Anggaran 2025, dijelaskan bahwa Program Makan Bergizi Gratis merupakan program yang didesain untuk mewujudkan sumber daya manusia (SDM) bermutu dan berdaya saing. Program Makan Bergizi Gratis yang dilakukan melalui pemberian makan bergizi dan susu gratis di sekolah dan pesantren, serta bantuan gizi untuk anak balita, dan ibu hamil/menyusui dengan risiko anak stunting.

Pada usia sekolah, selain menjadi penambah nutrisi, Program MBG diharapkan dapat mendorong kehadiran siswa di sekolah sehingga akan meningkatkan kualitas pembelajaran. Selain itu, untuk mengurangi angka absensi atau putus sekolah dalam rangka meningkatkan kualitas SDM. Program Makan Bergizi Gratis juga diharapkan dapat berdampak positif terhadap kesehatan dan prestasi akademis para murid.