Negara Indonesia sebagai negara kepulauan yang memiliki keanekaragaman baik dilihat dari segi ras, agama, bahasa, suku bangsa dan adat istiadat, serta kondisi faktual ini disatu sisi merupakan kekayaan bangsa Indonesia yang membedakannya dengan bangsa-bangsa lain yang tetap harus dipelihara. Keanekaragaman tersebut juga mengandung potensi konflik yang jika tidak dikelola dengan baik dapat mengancam keutuhan, persatuan dan kesatuan bangsa, seperti gerakan separatisme yang ingin memisahkan diri dari Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) akibat dari ketidakpuasan dan perbedaan kepentingan yang dapat mengakibatkan terjadinya disintegrasi bangsa. 

Ancaman disintegrasi bangsa dibeberapa bagian wilayah sudah berkembang sedemikian kuat, bahkan mendapatkan dukungan kuat sebagian masyarakat, segelintir elite politik lokal maupun elite politik nasional dengan menggunakan beberapa issue global yang meliputi isu demokratisasi, HAM, lingkungan hidup dan lemahnya penegakan hukum serta sistem keamanan wilayah perbatasan. Oleh sebab itu, pengaruh lingkungan global dan regional mampu menggeser dan merubah tata nilai dan tata laku sosial budaya masyarakat Indonesia yang pada akhirnya dapat membawa pengaruh besar terhadap berbagai aspek kehidupan termasuk pertahanan keamanan.   

Ancaman Separatisme

Gerakan separatisme masih menjadi ancaman nyata bagi persatuan dan kesatuan bangsa. Dalam menghadapi ancaman gerakan separatisme, pemerintahan Indonesia yakin bahwa penyelesaian masalah ini hanya dapat dilakukan secara menyeluruh dan damai. Keberhasilan dalam penyelesaian masalah separatisme di Aceh menjadi pelajaran penting untuk menyelesaikan masalah separatisme di daerah lainnya. Aksi-aksi simbolis untuk mendukung gerakan separatisme, seperti pengibaran bendera dan bangkitnya ideologi/simbol lama menunjukan bahwa permasalahan separatisme cukup serius. 

Embrio dari gerakan separatisme tersebut muncul karena ketidakpuasan elemen masyarakat di daerah terhadap kebijakan Pemerintah Pusat yang dinilai tidak adil. Penelitian menunjukan bahwa akar permasalahan terjadinya konflik di Papua dan daaerah lainnya adalah karena adanya marginalisasi dan tindakan diskriminatif dalam pembangunan ekonomi terhadap orang penduduk asli, kurangnya pembangunan terutama di bidang pendidikan, kesehatan, dan pemberdayaan ekonomi rakyat. 

Upaya Negara

Tetap eksisnya gerakan separatis di Papua dan daerah lainya di NKRI meskipun jumlahnya makin kecil, masih tetap menjadi ancaman bagi stabilitas keamanan di NKRI. Hingga kini masih ada upaya dari gerakan separatis diluar negeri yang dilakukan kelompok Benny Wenda untuk menggalang dukungan politik masyarakat internasional bagi perjuangannya mewujudkan kemerdekaan Papua. Pemerintah harus terus mengupayakan untuk menyelesaikan permasalahan separatisme ini, baik melalui kegiatan represif terhadap kelompok bersenjata maupun persuasif melalui upaya meningkatkan keadilan dan kesejahteraan masyarakat, sehingga penyelesaian ini dapat diselesaikan secara komprehensif dan menyeluruh dalam kerangka otonomi khusus. 

Selain itu, disamping terus menjaga keamanan di Papua dan endemi separatisme di Indonesia, sangat diperlukan upaya untuk menangkal propaganda negatif yang dilakukan oleh gerakan separatis diluar negeri dan meningkatkan upaya diplomasi untuk meyakinkan masyarakat internasional akan pentingnya menjaga kedaulatan Indonesia. Muncul dan berkembangnya embrio separatisme tidak terlepas dari masalah ketidakadilan dan kesenjangan kesejahteraan sehingga untuk mengatasi hal tersebut pemerintah akan terus melanjutkan dan mengembangkan kebijakan yang telah diambil selama ini. 

Pendekatan terhadap masalah separatisme tidak lagi hanya menggunakan kekuatan militer, tetapi menggunakan prioritas utama untuk melakukan langkah persuasif dengan pendekatan perdamaian dan dialog dan peningkatan kesejahteraan melalui pemerataan pembangunan. Bagaimana menurunkan tingkat perlawanan gerakan separatis dan menggalang tokoh kunci gerakan separatis untuk mampu meredam aktivitas bersenjata. 

Langkah Pencegahan

Pemerintah berusaha mengeliminisasi permasalahan separatis di wilayah NKRI, baik melalui lobi-lobi di luar negeri maupun pendekatan dengan seluruh pemangku kepentingan (stakeholder) didalam negeri. Upaya untuk menjelaskan bahwa Otsus dan otonomi daerah dalam kerangka NKRI merupakan penyelesaian terbaik guna meluruskan dan mendudukkan permasalahan separatis secara jernih dan objektif. Langkah lainnya yang dilakukan pemerintah adalah terus mendorong pemerintah daerah melaksanakan otsus secara konsekuen agar dapat memanfaatkan dana otsus secara tepat bagi peningkatan kesejahteraan masyarakat terutama di bidang pendidikan, kesehatan, dan masalah-masalah sosial lainnya. 

Di tingkat internasional, langkah yang dilakukan pemerintah adalah mempresentasikan perkembangan positif di Papua, inpres percepatan pembangunan, community development, dan implementasi otsus. Oleh karena itu, langkah yang diperlukan untuk menyelesaikannya harus komprehensif dan menyeluruh dalam semua bidang ideologi, politik, ekonomi, sosial, budaya, pertahanan dan keamanan. 

Langkah kebijakan yang ditempuh dalam upaya pencegahan dan penanggulangan separatisme adalah pemulihan kondisi keamanan dan ketertiban serta menindak secara tegas para pelaku separatisme bersenjata yang melanggar hak-hak masyarakat sipil, peningkatan kualitas pelaksanaan otonomi daerah dan desentralisasi serta demokratisasi, peningkatan deteksi dini dan pencegahan awal potensi konflik dan separatisme, peningkatan kesejahteraan masyarakat di daerah rawan konflik atau separatisme, melalui perbaikan akses masyarakat lokal terhadap sumber daya ekonomi dan pemerataan pembangunan antar daerah, pelaksanaan pendidikan politik secara formal, informal, dialogis, serta melalui media massa dalam rangka menciptakanrasa saling percaya, penerapan konsep penyelesaian konflik secara damai, menyeluruh, dan bermartabat.

Penyelesaian Bermartabat

Konsep penyelesaian damai secara bermartabat akan terus diterapkan dalam pencegahan dan penanggulangan separatisme di daerah lain. Penyelesaian secara bermartabat bertujuan agar pihak separatis tidak akan kehilangan muka untuk melepaskan aspirasinya. Penguatan basis dukungan masyarakat melalui lembaga politik dan adat, seperti Majelis Rakyat Papua dan Dewan Adat Papua menjadi tonggak utama untuk mengurangi ketidakpuasan dan perbedaan pendapat antara masyarakat di daerah dan Pemerintah Pusat. 

Untuk menjamin keberhasilan pendekatan tersebut, secara berkala perlu dilakukan evaluasi menyeluruh sehingga perbaikan terhadap langkah-langkah yang diambil oleh Pemerintah dapat berjalan dan lebih terfokus pada permasalahan sesungguhnya. Peningkatan pelayanan publik, terutama untuk mendapatkan informasi yang benar, dilakukan agar sosialisasi terhadap pentingnya menjaga keutuhan NKRI dapat terus dilaksanakan dengan baik.

“Kebijakan pemekaran wilayah yang didasarkan atas pertimbangan dan kepentingan pembangunan masyarakat di daerah akan tetap mendapatkan prioritas apabila hal itu dapat membantu masyarakat di daerah tersebut untuk mendapatkan keadilan dan kesejahteraan sehingga dapat mencegah muncul dan berkembangnya embrio separatisme"***