Film ini berawal ketika resep rahasia Krabby Patty hilang. Seluruh dugaan dan tuduhan pasti diarahkan pada Plankton (Mr. Lawrence). Namun ternyata bukan. Memang, Plankton sudah sekian lama menempuh beragam cara untuk mengambil formula tersebut, tetapi ketika itu sudah ada di tangannya, resep rahasia itu menghilang begitu saja. SpongeBob (Tom Kenny) juga melihatnya. Melihat bagaimana resep rahasia Krabby Patty menghilang secara misterius.

Namun Mr. Krabs (Clancy Blown) tentu tidak semudah itu percaya. Ia meminta bantuan seluruh penduduk Bikini Bottom untuk mengintimidasi Plankton agar mengembalikan resep tersebut. Dan SpongeBob yang bersikeras membela Plankton pun akhirnya memutuskan untuk 'kabur' bersama Plankton, dan bertanggung jawab atas hilangnya resep tersebut.

Sementara SpongeBob dan Plankton mencari-cari dimana kiranya resep rahasia tersebut, Mr. Krabs merasa terkhianati karena beranggapan SpongeBob telah berpihak pada Plankton. Dan tak butuh waktu lama, hampir seluruh penduduk Bikini Bottom menjadi stres dan 'gila' karena kehilangan Krabby Patty dan kokinya.

Berbagai cara telah ditempuh SpongeBob dan Plankton, mulai dari menciptakan mesin waktu untuk kembali ke masa dimana resep tersebut belum menghilang. Sayangnya rencana tersebut malah gagal dan memperumit pencarian tersebut. Hingga akhirnya, SpongeBob mencium aroma Krabby Patty yang datang dari tempat nun jauh di sana. Ia pun mengikutinya.

Kisah di atas adalah sepenggal cerita dari film The SpongeBob Movie: Sponge Out of Water. Memang, sudah sekian lama film ini dinantikan. Bagaimana tidak? Spongebob dan teman-temannya yang notabenenya hidup di dasar laut, akan bertualang ke daratan. Hal tersebut pastinya akan menjadi daya tarik dan keseruan tersendiri.

Yang menarik lainnya dari film The SpongeBob Movie: Sponge Out of Water adalah penggunaan animasi seperti yang sudah diperlihatkan dalam trailer dan beberapa foto adegan. SpongeBob yang biasanya hadir dengan versi kartun, kali ini berubah menjadi animasi 3D dan dileburkan dengan visual real-life yang menawan.