Film ini bercerita tentang upaya meraih gelar Pendekar Tongkat Emas. Dara (Eva Celia), Biru (Reza Rahadian), Gerhana (Tara Basro), dan Angin (Aria Kusumah) adalah empat murid dari Cempaka (Christine Hakim) di Perguruan Tongkat Emas. Dara, Biru, dan Gerhana, tak lain adalah anak yang orang tuanya dibunuh oleh Cempaka, dan Cempaka memutuskan untuk mengadopsi mereka.

Sedangkan Angin, adalah seorang anak yang dibuang oleh orangtuanya, dan Cempaka pun mengadopsinya. Biru, murid tertua dan terkuat yang dimiliki Cempaka. Kemudian disusul dengan Gerhana. Sementara Angin adalah murid termuda Cempaka yang minim bicara. Dara, bukanlah yang terkuat diantara mereka, bukan pula yang terpandai.

Keempat murid Cempaka ini berlatih dengan sangat giat setiap hari untuk mendapatkan Tongkat Emas, juga gelarnya sebagai Pendekar Tongkat Emas. Biru sangat berambisi untuk menyandang gelar tersebut. Cempaka justru memberikan Tongkat Emas tersebut kepada Dara. Dengan dipilihnya Dara sebagai pewaris Tongkat Emas, secara langsung juga Dara akan diwariskan jurus andalan yang belum terkalahkan. Yakni jurus Tongkat Emas Melingkar Bumi.

Cempaka pun memberitahu kepada kedua murid tertuanya, Biru dan Gerhana, kalau ia akan bepergian untuk beberapa hari demi mengajarkan Dara tentang jurus tersebut. Angin juga dibawa serta, guna membantu pengobatan Cempaka yang sudah semakin tua. Sayangnya ambisi Biru yang begitu besar membuatnya kecewa dan sakit hati, hingga Biru yang bekerjasama dengan Gerhana, akhirnya memutuskan untuk membunuh Cempaka dan merebut Tongkat Emas tersebut dari Dara serta Angin.

Sang sutradara, Ifa Isfansyah, dan penulis naskah, Jujur Pranoto, Pendekar Tongkat Emasseakan berkomitmen untuk memperlihatkan kebolehan aktor-aktris Indonesia dalam memerankan karakternya sebagai seorang pendekar. Eva, Nicholas, Reza, Tara, Aria, dan Christine, 'memamerkan' skill mereka dalam memainkan tongkatnya masing-masing. Di sisi lain, selama pemutarannya, Pendekar Tongkat Emas konsisten memberikan kejutan-kejutan kecil dari segi alur cerita.

Pendekar Tongkat Emas ini dapat pula dikatakan sebagai film dengan paket lengkap. Selain dari segi cerita dan action yang mumpuni, Ifa juga tak luput memperlihatkan sinematografi yang indah dari lokasi syuting mereka yang bertempat di Sumba, Nusa Tenggara Timur. Tak cuma sekali duakali, tetapi cukup sering, dan hal tersebut membuat film ini lebih dramatis.